<div dir="ltr">Dear Haskellers,<div><br></div><div>I would like to present a benchmark of Protein Databank parsers that indicates that one written in Haskell seems to outpace all others when using 4 or more of parallel cores:</div>
<div><br></div><div><span style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">hPDB - Haskell library for processing atomic biomolecular structures in</span><br style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">
<span style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">Protein Data Bank format -- Michal Jan Gajda</span><br style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">
<span style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">BMC Research Notes.2013, 6:483.</span><br style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">
<span style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">DOI: 10.1186/1756-0500-6-483</span><br style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">
<span style="color:rgb(102,102,102);font-family:'Source Sans Pro',Helvetica,sans-serif;font-size:13px;line-height:22px">URL: <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/6/483">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/6/483</a></span><br clear="all">
<div><br></div><div style>Please let me know if you know of any other parsers that could be added to this benchmark.</div><div style><br></div><div style>Along with hTalos, and parseSTAR parser libraries for nuclear magnetic resonance data it adds to growing collection of bioinformatic libraries written in Haskell.</div>
<div style><br></div><div style>Together with CloudHaskell and modern 48-core machines, they allow to process multigigabyte bioinformatic databases in a matter of few minutes (slightly over 8 minutes in case of over 10GB of PDB.)</div>
<div style><br></div><div style>If interested, please see: <a href="http://biohaskell.org/">http://biohaskell.org/</a>.</div>-- <br>  Best regards<br>    Michał J. Gajda</div></div>